Nước đã đánh bại Phù Nam là Chân Lạp, một quốc gia do người Khmer sáng lập. Trung tâm của họ nằm ở Sae Mun (nay thuộc Thái Lan) và Champasack (nay thuộc Nam Lào). Quốc gia này do Bhavavarman sáng lập trong thế kỷ thứ 6, gọi là nước Bhavapura, tức Chân Lạp.

Bhavavarman đã chấm dứt sự lệ thuộc Phù Nam. Sau khi ông mất, con ông là Mahendravarman lên kế ngôi và tấn công Phù Nam, buộc vua Phù Nam phải chạy trốn tới Naravana tức nước Chí Tôn (nay là Ba Thê, xã Vọng Thê, An Giang). Isanavarman kế ngôi Mahendravarman, tiếp tục tấn công "Với sức mạnh của mình đã vượt qua ranh giới lãnh thổ của Tổ tiên"[3]. Các vua thất trận đã bỏ chạy ra vùng hải đảo.

Jayavarman I lật đổ Isanavarman để cai trị một lãnh thổ rộng lớn. Bia ký của ông được tìm thấy trên một vùng lãnh thổ bao gồm cả Sae Mun, Battambang, Seam Reap, Kompong Thom, Takeo, Prey Veng và Kampot.

Sau khi đánh thắng Phù Nam, người Chân Lạp đã ồ ạt di cư xuống phía Nam. Họ đã dừng lại ở Takeo (cụm di tích Angkor Borey) và Prey Veng (cụm di tích Ba Phnom), trung lưu sông Mekong và Đông Bắc biển Hồ. Isanavarman đã xây dựng kinh đô Isanapura ở gần Kompong Thom. Theo Tùy thư của Trung Hoa thì nơi đây có tới 20.000 gia đình sinh sống. Ngoài ra vương quốc còn có 30 thành thị do các tổng đốc cai quản và quan tước cũng tựa như Lâm Ấp.